Okulumuzun 17 Ekim 1966 tarihinde 1.610.406.67 TL. maliyete ihalesi yapıldı.

İstiklal Mahallesinde Evliya Çelebi Devlet Hastanesinin altında başlayan inşaat (şimdiki Sağlık Meslek Lisesi binası) 1968 yılında tamamlandı. 1968 – 1969 Eğitim Öğretim Yılında, orta birinci sınıfta 12 şube ve 390 öğrenci, orta ikinci sınıfta 5 şube ve 213 öğrenci olmak üzere toplam 17 şubede 603 öğrenci ve 21 öğretmen ile Kütahya Merkez Ortaokulu adıyla eğitim öğretime başladı.

1973 – 1974 Eğitim Öğretim Yılında lise bölümünün açılmasıyla okulumuzun adı Kütahya Merkez Lisesi oldu.

Kütahya Merkez Lisesi adına gelen evrakların Kütahya Lisesine gitmesi, vatandaşlar tarafından Kütahya Merkez Lisesi'ne yapılması gereken müracaatların Kütahya Lisesine yapılması gibi nedenlerle okulumuzun ismi ilde karışıklıklara sebep oldu. Bu tür karışıklıkların giderilmesi için 1975-1976 Eğitim Öğretim Yılı senebaşı öğretmenler kurulu toplantısında okulun adının değiştirilmesi görüşüldü ve Fatih Lisesi ismi teklif edildi. Millî Eğitim Bakanlığının da onaylaması üzerine okulun ismi Fatih Lisesi olarak değiştirildi.

Millî Eğitim Bakanlığının 31/07/2001 tarih ve 8047 sayılı onayı ile 2001- 2002 Eğitim Öğretim Yılında okulumuzda Yabancı Dil Ağırlıklı Lise açıldı.

Millî Eğitim Bakanlığının 05/07/2005 tarih ve 7374 sayılı onayı ile okulumuz Anadolu Lisesine dönüştürüldü. 2005 – 2006 Eğitim Öğretim Yılından itibaren kademeli olarak Fatih Lisesi kapatıldı ve 9. sınıflarda 5 şube ile Fatih Anadolu Lisesi eğitim öğretime başladı.

Kütahya Valiliğinin 02/08/2007 tarih ve 13580 sayılı onayı ile okulumuz TOKİ tarafından Akkent Mahallesinde yaptırılan şimdiki binasına taşındı.